下属事业单位19个，其中参公事业单位1个（市老龄健康工作指导中心），全额事业单位9个（市疾病预防控制中心（市卫生监督所）、市中心血站、市卫生应急调度中心、市医学会、市医学科学情报站、市卫生健康工作者协会、市卫生健康宣传站、市卫生健康委员会药具管理中心、市干部保健服务中心），差额事业单位9个（市第一医院、市第二医院、北京大学第三医院秦皇岛医院、市九龙山医院、市第三医院、市第四医院、市中医医院、市妇幼保健院、市工人医院）
全额（参公）事业：
1.市老龄健康工作指导中心，主要职责：贯彻落实积极应对人口老龄化政策措施，开展政策研究、老龄宣传、健康教育、学术交流、老年健康权益保障服务等工作。
2.市疾病预防控制中心（市卫生监督所），主要职责：
负责辖区内疫情信息收集与上报、流行病学调查、隔离防控等疫情防控日常工作，统一承担公共卫生、医疗卫生等监督执法工作，负责对医疗机构传染病防控工作的巡查监督等。稽查科主要职责为：负责制定卫生监督稽查计划、方案并组织实施，负责社会投诉举报受理及有关案件移交和移送。监督一科主要职责为：承担公共场所、生活饮用水和涉水产品卫生监督管理及违反案件查处。开展控烟执法，指导各县区控烟监督检查。监督二科主要职责为：负责用人单位职业卫生、医疗机构放射卫生、职业病鉴定与检查机构、职业卫生与放射卫生技术服务机构的监督检查。监督三科主要职责为：负责医疗机构疫苗预防接种工作、传染病防治、病原微生物实验室、医疗废物处理及消毒隔离的监督检查。负责学校卫生、餐饮具集中消毒和消毒产品生产经营企业的监督检查。监督四科主要职责为：负责对医疗机构及卫生技术人员的执业资格、执业范围、执业注册及执业活动的监督检查。
4.市中心血站，主要职责：负责并保证全市医疗机构临床用血的采集、配送，大力开展公民无偿献血，推进成份血的使用和干细胞的采集。
5.市卫生应急调度中心，主要职责：制定全市医疗紧急救治体系规划，负责市急救中心和各急救站的监督管理；设立120急救电话，协调、调度危重患者的院前救治；建立突发公共卫生事件的监测和预警机制，组织重大传染病疫情、重大食物中毒等突发公共卫生事件的应急处置；制定突发公共卫生事件应急预案，组织预案演练；组织对公共卫生和医疗救助专业人员进行有关突发公共卫生事件应急知识和处理技术的培训，指导县区应对其他突发事件的伤病救治工作。
6.市医学会，主要职责：组织发动医务人员推动医学科学技术发展，承担医学继续教育工作，协助卫生行政部门完成各级各类专业技术人员的考核工作，负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。
7.市医学科学情报站，主要职责：负责全市医学科学情报站的收集检索，促进医学情报的利用，推动医学科学的发展，推荐省、市医学科研新成果的鉴定，出版《秦皇岛医药》及交流工作；负责卫生专业资格考试、自学考试工作。
8.市卫生健康工作者协会，主要职责：协助卫生行政部门推动卫生事业的开展，促进农村卫生工作和城市社区卫生服务的开展。
9.市卫生健康宣传站（市优生优育指导所），主要职责：负责计划生育技术指导、咨询；负责生殖健康科普宣传；审查申报病残儿及成人残疾医学鉴定资料，为被鉴定者家属提供医学咨询服务；指导病残儿及人称残疾鉴定、计划生育手术并发症及其他与计划生育有关的技术鉴定；组织实施与计划生育技术服务有关的科研项目，指导计划生育新技术推广和对计划生育技术的指导、培训；设计制作计划生育公益宣传标语牌、广告画、宣传橱窗、活动展牌等宣传设施；组织计划生育文艺宣传活动；制作免费计划生育宣传品；培训基层计划生育专兼职干部，指导县、乡、村人口学校的教学工作。
10.市卫生健康委员会药具管理中心，主要职责：负责全市避孕药具的计划编制及管理调入、贮存发放、效果观察和评估、质量检测、检验工作；负责药具科普知识的宣传普及和技术指导工作；负责制定各种药具管理制度，培训管理人员，对下级计生药具管理部门进行业务指导；负责对避孕药具经费的管理和使用；负责药具工作的检查、评比、考核。
11.市干部保健服务中心，主要职责：负责市级保健对象医疗保健的服务性工作，协调做好重要会议与重大活动的医疗卫生保障服务工作。
差额事业：
1.市第一医院，主要职责：负责开展医疗卫生工作。
2.市第二医院，主要职责：负责开展医疗卫生工作。
3.北京大学第三医院秦皇岛医院，主要职责：负责开展医疗卫生工作。
4.市九龙山医院，主要职责：负责全市精神疾病的医疗、科研、教学，负责全市精神卫生控制预防及精神病人收容工作。
5.市第三医院，主要职责：负责以传染病为主的医疗卫生工作开展。
6.市第四医院，主要职责：负责以肿瘤疾病、职业病的医疗、预防、保健为主的卫生工作。
7.市中医医院，主要职责：负责开展以中医学为主的医疗卫生工作。
8.市妇幼保健院，主要职责：负责以妇女、儿童为主的医疗卫生工作开展，承担妇女、儿童保健任务。
9.市工人医院，主要职责：负责开展医疗卫生工作。
